但是对许多人来说，尤其是对于商业用户而言，只有应用软件可以在设备本地运行并直接插入操作系统中，iPhone才能发挥出其全部的功能。
IPhone几乎刚一发布就被破解了，被转到了其他手机网络，而且黑客们也开始运行他们自己的应用软件。苹果后来通过升级操作系统来打击那些黑客自己开发的应用软件，但是最终只是催生了新的黑客行为。
现在还不清楚SDK认可的应用软件有哪些。乔布斯在去年十月份的博客文章中没有透露关于SDK的任何具体信息。 他说，苹果打算在两个可能冲突的目标之间求得一个平衡：一个是让iPhone软件开发商更容易开发和发行应用软件，另一个是让那些应用软件很难攻破iPhone或者引进恶意软件。
Christopher Allen长期以来一直是Mac应用软件开发员，也是iPhoneWebDev.com网站的创立者和服务者，他预计苹果不会发布真正的本地应用软件，而是着眼于某些类似于Mac OS X以及即将推出的Leopard操作系统中的控件的东西。Allen说：“那些东西可以看起来很美，拥有漂亮的用户界面，但是它是JavaScript和XML编写的，带有高效C语言编写的某些本地功能和片断而已。”