按照现时计划，电子监管网会向制造商收取数据管理、编配独有编码的入网费用及可能收取会员费用。
国家质检总局相关负责人曾经对媒体透露，截至2008年6月30日12时，电子监管网的入网企业已达58465家。按照电子监管网入网收费标准每家企业600元/年，1年，电子监管网就有3500多万元的收入。
按照国家质检总局的要求，9类69种重点产品生产企业必须加入电子监管网，粗略估算，这69种产品共涉及企业约8.7万家。若全部入网，电子监管网每年将有5000多万元的收入。
在香港上市的中信21世纪有限公司，2008年的年报中如此表述：我们已经清楚地看到，电子监管网/PIATS在全中国的推广，正在为中国带来巨大的经济和社会效益。而我们的公司也会获得良好的收益。
中信国检获得良好收益的同时，其他的防伪企业日子过得却不怎么样。恒信数码科技有限公司工作人员由原来的70多名锐减至现在的七八名；曾经在防伪行业中一直处于前列的北京兆信信息技术有限公司的业务量也急剧缩减；一些小型的防伪企业已经倒闭。
这些防伪企业不断地追问：政府部门在中信国检参股，合适吗？
国家质检总局很快作出了回应，于今年4月17日召开了新闻发布会，宣布所属事业单位国家质检总局信息中心将退出在中国产品质量电子监管网的股权。
国家质检总局相关负责人在会上解释说，当初之所以持股，是因为在电子监管网研发阶段，信息中心参与了研发和技术平台设计等工作。而现在之所以又退出，是因为随着研发阶段的结束，监管网进入实际运行和推广阶段，信息中心不再参与相关工作。考虑到电子监管网已经进入正常运作，质检总局不再参与日常事务，已经将股份转让给中信集团。国家质检总局表示：“电子监管网和电子监管码不是防伪产品，而是中国政府为加强对产品质量全过程监管而建立的产品质量追溯平台，是质检总局等部门按照国务院要求，建立产品质量食品安全长效监管机制的重要举措。”
招投标
“政府用30%的股份来和企业合作，并且大力推行该企业的业务，恐怕不合适，容易导致政府公信力下降等诸多问题。国家质检总局这次的退股行为，还是比较明智的。”中国政法大学副校长马怀德教授说。
马怀德教授指出，在建设电子监管网的过程中，政府有两种选择，要么是100%出资持股，履行政府的监管义务；要么根据招标投标法的规定，通过招投标委托一家企业来接手。
同时根据国家质检总局2003年的文件规定：国务院有关部门或行业牵头单位使用防伪技术或防伪技术产品对某类产品实施统一防伪管理时，应当进行招标。
在中信国检接手之前，国家质检总局是否面对社会进行了招投标工作？
记者采访了北京四家知名的防伪企业，分别是北京兆信信息技术有限公司、东方惠科防伪技术有限责任公司、中社网盟信息技术有限公司、恒信数码科技有限公司，四家防伪企业均表示未得到任何公开招标的信息。
“我们公司在国内防伪行业中处于龙头地位，我们的技术都没问题，相信招投标的话也有很高的赢面。但遗憾的是，我们却没有听到过任何信息。”北京兆信信息技术有限公司副总经理龙刚说。
“显然，国家质检总局并没有就电子监管网的经营向社会公开招投标。”四家防伪企业的代理律师周泽认为，“同时，中信国检是以国家质检总局所属事业单位参股的形式专为电子监管网而成立的合资公司，由此可见，政府并没有选择招投标来委托企业，而是选择了参股的形式来管理”。
北京大学宪法行政法研究中心副主任王锡锌教授认为，电子监管的技术还是有一定的必要性。引入新的技术会增加成本，也会增加收益。当收益大于成本，并且政府在发文强制推行的前提下，就会产生两个法律问题：
一、一种新技术的引入，国家机关在提供准入的门槛上，如果没有采用一种公平、公正、透明的方式，就不符合行政程序的公平、公正原则；
二、监管部门不能和被监管的部门存有利益关系。
收费性质
记者采访中国食品工业协会得知，在一份发给国家质检总局关于食品企业对实施电子监管码有关意见的函中，食品企业普遍质疑中信国检向每家入网企业收取的入网年费性质不明。是属于行政事业性收费还是服务性收费？是否经过法定程序审批？
一家不愿具名的食品企业负责人说，如果是行政事业性收费，在国家有关文件列举的全国性行政事业性收费中，并未提及该项行政事业性收费。而在政府的文件和电子监管网中，也均未对其收费是否经过审批有过说明。
马怀德教授参加了7月25日全国人大法律委员会组织的关于食品安全法草案的立法论证会。马怀德教授认为，如果在国家相关规定中没有该项行政事业性收费项目，且又未经过法定程序审批，那么其就不应该属于行政事业性收费。
若是服务性收费，政府通过发文要求企业到指定企业缴费，涉嫌违反我国反不正当竞争法和刚刚实施的反垄断法的相关规定。
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